Látszólag apró, de a gyakorlatban annál bosszantóbb hiányosságot orvosol a Canon professzionális digitális fényképezőgépeihez megjelent szoftverfrissítés. Mindhárom DSLR modellen ugyanazt javítja a szoftver, csupán a verziószámuk különbözik, hiszen a trióhoz eltérő mennyiségben jelentek meg frissítések.
Nagyobb kapacitású memóriakártyáknál a fényképezőgép helytelenül érzékelheti a kártya valódi tárméretét. SDHC memóriák esetén a 2GB fölötti daraboknál, míg CF kártyáknál a 8GB fölött jelentkezik a probléma. Aki tehát ezeknél nagyobb kártyákat használ, annak érdemes letöltenie a Canon EOS-1D Mark II 1.1.6, az EOS-1D Mark II N 1.1.2, és az EOS-1Ds Mark II 1.1.6 verziószámú firmware-ét. A frissítések a Canon hivatalos oldaláról – a fényképezőgép sorozatszámának megadása után – ingyen letölthetők.
